Período Posclásico
Abarca los años 1000-1687 dC Una vez abandonados los centros ceremoniales mayas del periodo clásico, la fuerza generadora de esta época va a ser una corriente migratoria identificada étnicamente con los mayas arraigados en la región, que traía consigo una cultura mestizada de fuerte contenido náhuatl.
Esta corriente llamada putún o maya-chontal habitaba en el sur de Tabasco y tenía estrechas relaciones comerciales con los pueblos del centro de México y con los grupos nahuas establecidos en la periferia de la región maya, por ejemplo en Xicalango. Su presencia habría de romper con el precario equilibrio en el que trataba de mantenerse el mundo teocrático, y fueron los putunes los que aprovecharon la caída de este orden para introducir una nueva forma de vida y de dominio sobre la región.
Hacia el año 1000, Chichén Itzá formó una alianza con los cocomes de Mayapán y los xiu de Uxmal. Dicha alianza es conocida con el nombre de Confederación o Liga de Mayapán, rota en 1194 por Hunac Ceel, líder de los cocomes. Las hostilidades desembocaron en la derrota tanto de los itzáes como de los tutul xiúes. El auge de Chichén-Itzá y de sus gobernantes maya-toltecas terminó en caos hacia fines del siglo XIII. Los itzáes abandonaron su ciudad y se dirigieron a las selvas desiertas del Petén. Allí, en el lago Petén Itzá, fundaron una nueva población localizada en la isla de Tayasal.
La supremacía de Mayapán llegó a su fin hacia 1441, cuando el líder xiu de Uxmal, Ah Xupan Xiu, la destruyó masacrando a la familia real cocom. Durante su apogeo, Mayapán llegó a tener hasta 12 mil habitantes. Era una ciudad fortificada, rodeada de una muralla de piedra. Se pueden ver en su arquitectura claras influencias toltecas.
Las crónicas mayas establecen claramente que los putunes conservaron su poder sobre la región de Bakhalal y Chactemal durante el periodo de la dominación de Mayapán pero ni por eso abandonaron el dominio de su antiguo territorio al sur de Tabasco, sino que hicieron constantes viajes de ida y vuelta a Potonchán.
A la caída de Mayapán, la península de Yucatán se dividió en 16 pequeños estados, cacicazgos o provincias, cada uno con su propio gobernante. Entre estos cacicazgos existían rivalidades y guerras constantes, herencia de las luchas sin tregua entre los xiu y los cocomes. Esa era la situación reinante a la llegada de los primeros españoles.